Lapidárium Národního muzea uchovává jednu z nejbohatších sbírek kamenosochařských památek v České republice a patří k nejstarším specializovaným sbírkám tohoto druhu v českých zemích. Soustřeďuje kamenická, architektonická a sochařská díla od raného středověku po historismus, z dlouhého období od 11. do samého konce 19. století. Ačkoli Národní muzeum vzniklo v roce 1818 a již roku 1839 historik a vynikající činovník muzea František Palacký vyzdvihl v muzejním programu význam záchrany a shromažďování kamenných originálů ze zanikajících stavebních památek, zejména pomníků, náhrobků a reliéfů, samostatná sbírka Lapidária se konstituovala teprve roku 1898. Některé exponáty, které dnes můžeme v Lapidáriu obdivovat, byly vystaveny již v roku 1846 v muzejních prostorách dnes neexistujícho Nostického paláce Na Příkopech. Při příležitosti Jubilejní zemské výstavy v Praze roku 1891 a Národopisné výstavy českoslovanské roku 1895 byly shromážděny další sbírkové předměty, které se staly roku 1898 základem Expozice památek starého stavitelství na Výstavě architektury a inženýrství, uspořádané na pražském výstavišti. Expozice byla instalována v původně neorenesančním Pavilonu Retrospektivní výstavy postaveném architektem Antonínem Wiehlem pro Jubilejní výstavu roku 1891, který po neobarokní přestavbě a řadě úprav poskytuje prostory sbírce Lapidária dodnes. Součástí přestavby pavilónu v roce 1908 je mimo jiné i secesní sochařská výzdoba exteriéru budovy od Františka Hergessela.
Sbírkové předměty soustředěné v Lapidáriu pocházejí většinou z Prahy a středních Čech. Cenné a hodnotné exponáty byly během přestaveb jednotlivých objektů i demolice celých městských částí zachráněny a předány do Národního muzea. Nejpočetnější soubory kamenných a sochařských prací proto muzeum získalo přibližně v letech 1890 až 1930, v období tzv. asanace staré Prahy. Nenahraditelné památky pocházejí ze zbořených kostelů (areál katedrály sv. Víta, Vyšehrad), šlechtických paláců i měšťanských domů, ale také archeologických či stavebních průzkumů (klášter na Ostrově, klášter sv. Anežky České). Vlivem modernizace a dopravy ustoupily z pražských ulic do muzea pomníky a kašny bránící ruchu nových křižovatek a trasám tramvají (Krocínova kašna na Staroměstském náměstí, pomník sv. Václava s kašnou na Koňském trhu, pomník maršála Radeckého na Malostranském náměstí). Svůj azyl nalezly v Lapidáriu pomníky a památky spojené s habsburskou monarchií, které byly spontánně či záměrně odstraněny po vyhlášení samostatnosti Československé republiky roku 1918 (Mariánský sloup na Staroměstském náměstí, Pomník Františka I.). Řada vzácných soch vplynula do sbírek Lapidária rovněž v nedávné době v důsledku nahrazení originálů jejich kopiemi (sochařská výzdoba Staroměstské mostecké věže a Karlova mostu).
První samostatná expozice Lapidária připravená muzejními pracovníky Janem Koulou a Václavem Fabiánem byla zpřístupněna roku 1905, ale po vypuknutí světové války roku 1914 byla uzavřena. Pro veřejnost se Lapidárium opět otevřelo po mnoha letech roku 1932. Na svou dobu moderně spořádaná expozice sloužila veřejnosti pouze do roku 1939, kdy její provoz opět ukončila válečná léta. Znovu byly sbírky Lapidária zpřístupněny v letech 1954 až 1967. Současná podoba expozice trvá od roku 1993 a svým uspořádáním a výběrem exponátů se řadí k předním evropským sbírkám svého druhu. V roce 1995 byla oceněna v soutěži o nejlepší evropské muzeum roku. Prostory Lapidária rovněž slouží prezentaci uměleckých projektů, přednáškám a koncertům.
