Od samotného založení Národního muzea v roce 1818 patří kolekce přírodnin k jeho největší sbírkovým fondům. Staráme se o více než 15 miliónů sbírkových předmětů starých od několika miliard let až po současnost.

Historické muzeum patří k nejstarším částem Národního muzea s kořeny už po jeho založení v roce 1818. V současné době se skládá ze čtyř úseků, deseti oddělení a dvou referátů.

Je veřejná vědecká knihovna a druhá největší knihovna s historickými fondy v České republice. Vznikla společně s Národním muzeem v roce 1818.

České muzeum hudby schraňuje materiály s hudební tématikou ve sbírkách Národního muzea. Ve svých fondech uchovává na 700 000 dokladů hudební historie – rozsáhlý notový archiv, fonotéku, sbírku hudebních nástrojů, nebo pozůstalosti či sbírky Muzea Bedřicha Smetany a Muzea Antonína Dvořáka.

Náprstkovo muzeum asijských, afrických a amerických kultur je jedinou muzejní institucí v České republice, která se věnuje hmotnému i duchovnímu odkazu neevropských civilizací.