Archiv NpM není akreditovaným archivem. Je součástí sbírkového oddělení NpM, přičemž metodicky na něj dohlíží Archiv Národního muzea. Je v něm uloženo přibližně 200 bm archiválií převážně z období 2. poloviny 19. století. Archiv obsahuje zhruba 100 archivních fondů a sbírek. Většinu z nich představují osobní fondy, čili písemné pozůstalosti různých osobností.

Stěžejním fondem je fond zakladatele muzea Vojty Náprstka a jeho rodiny. Kromě něj jsou v archivu uloženy především osobní fondy našich předních cestovatelů (Holub, Frič, aj.), vědeckých pracovníků, většinou etnografů (Pertold, Krása), ale také krajanských osobností (pěvkyně Jarmila Novotná). V mnohem menší míře jsou zde zastoupeny ostatní fondy např. spolkové (První český pensionát pro dívky v Praze, Domácnost, Americký klub dam) nebo institucionální (Československý ústav zahraniční).

V archivu jsou uloženy také dvě rozsáhlé archivní sbírky. Jedná se o sbírku Krajanství, která obsahuje materiály dokumentující život našich krajanů v zahraničí a sbírku Scrap-books, tedy soubor 320 výstřižkových knih. Archivní materiál je z větší části neuspořádán. Přehled o materiálu skýtá pouze soupis jednotlivých krabic a jmenný, lístkový katalog.

Od roku 2009 se materiál archivně pořádá podle metodiky Archivu Národního muzea. Archivní pomůcky se vytvářejí v programu Bach Inventáře 2007 a zároveň se vybrané archiválie digitalizují. Od roku 2011 jsou archivní fondy evidovány v centrální evidenci Národního archivního dědictví (NAD). Ve stejném roce byl archiv vyčleněn z knihovny NpM a zařazen do sbírkového oddělení NpM.