Vzhledem k rozsahu a dvě století dlouhé historii dnes oddělení pečuje o sbírkový materiál z celého světa, výborně zastoupeno je především území bývalého Československa, Balkán, Sibiř, Mongolsko a bývalá sovětská Střední Asie, ale též Írán a Irák, Austrálie a Havaj. Herbář Národního muzea je, spolu s obdobně rozsáhlými herbářovými sbírkami Univerzity Karlovy, největší takovouto sbírkou v České republice a zároveň patří mezi 25 největších institucí tohoto typu na světě.

Historie botanického oddělení začíná již v okamžiku vzniku Národního (tehdy Vlasteneckého) muzea dne 15. dubna 1818. Již při založení muzea deklarovala řada vlastenecky zaměřených osobností tehdejších společenských elit, v čele s Kašparem Sternbergem, hlavním iniciátorem vzniku této muzejní instituce, že nově vznikajícímu ústavu darují své soukromé sbírky. Již v okamžiku založení muzea tak botanické oddělení spravovalo dosti rozsáhlou kolekci, které pak v dalších letech dále rychle rostla. Hned na začátku 20. let 19. stol. K. Sternberg inicioval odkup herbáře Tadeáše Haenkeho, významného českého botanika a cestovatele, který se účastnil námořní expedice kapitána Malaspiny a během této cesty nashromáždil významnou sbírku pocházející z pacifického pobřeží obou Amerik, Mariánských ostrovů a Filipín. Vědecké zpracování této sbírky, které se ujal Karel Bořivoj Presl (první kurátor botanických sbírek a profesor přírodních věd na Karlově Univerzitě), představovalo nejvýznamnější vědecký počin nově vzniklé instituce a vydobylo jí mezinárodní uznání.

Po smrti K. Sternberga (1838) a odchodu K. B. Presla (1846), po němž následovalo krátké období častého střídání kurátorů botanické kolekce, přichází v roce 1860 do oddělení na více jak 40 let František Josef Čelakovský. Na rozdíl od Presla a Sternberga se zaměřuje na podrobný floristický průzkum Čech, shromažďuje kolem sebe široký okruh spolupracovníků a na základě revize starších dokladů i nově nashromážděných sběrů publikuje na svou dobu velice kritický Prodromus květeny české, který je dodnes cenným pramenem k poznání české flóry. Čelakovský svou činností položil základy k dnešnímu Československému herbáři, separátní kolekci československé flóry.

Další rozvoj botanického oddělení proběhl ve 30. letech 20. století, kdy v oddělení působili M. Deyl a I. Klášterský a muzeum z vlastnictví Společnosti Národního muzea převzala země Česká. Deyl s Klášterským intenzivně zkoumali celé území tehdejšího Československa a započali i s průzkumem Balkánského poloostrova. Množství duplikátního materiálu, který nashromáždili, umožnilo zahájit rozsáhlou výměnu s institucemi po celém světě, díky které byla získána řada velmi cenných přírůstků.

Poválečné období, které se neslo ve znamení odsunu německého obyvatelstva, znárodňování církevních i šlechtických majetků a rušení stávajících institucí znamenalo mimo jiné obrovské přísuny botanických sbírek do oddělení. Každoročně se jednalo o desítky tisíc sběrů, vrcholu tyto přírůstky dosáhly v roce 1952, kdy do sbírek přibylo 125 000 herbářových položek, celkem botanické sbírky během prvního poválečného desetiletí vzrostly o více jak 370 000 herbářových dokladů. V druhé polovině 20. století, od roku 1970 ve funkci vedoucího, v oddělení působil J. Soják, který se celý život zabýval taxonomií rodu mochna (Potentilla) a postupně se stal jeho celosvětovým monografem.

Svými sběry významně doplnil kolekci Ch. G. Lehmanna, zakoupenou muzeem v 2. polovině 19. stol., a díky tomu Národní muzeum dnes vlastní celosvětově nejvýznamnější kolekci tohoto rodu. J. Soják se taktéž v 70. letech účastnil dvou přírodovědeckých expedic do Íránu, které muzeum organizovalo, a nashromáždil zde velmi významnou kolekci Íránské flóry. V současnosti se pracovníci oddělení zabývají především výzkumem taxonomie a chorologie flóry střední Evropy a jihovýchodní Asie.

V rámci oddělení byla založena laboratoř průtokové cytometrie, vybavená citometrem Partec CY Flow, a digitalizační pracoviště, sloužící především pro digitalizaci typových herbářových položek.

Pracovníci oddělení

Šída Otakar, Mgr.
Kurátor
E-mail: ota_sida@nm.cz Tel.: 224 497 834
Rosenbaumová Radka
Kurátor
E-mail: radka_rosenbaumova@nm.cz Tel.: 224 497 889
Ducháček Michal
E-mail: michal_duchacek@nm.cz Tel.: 224 497 893
Vlasáková Hana
E-mail: hana_vlasakova@nm.cz Tel.: 224 497 892
Kúr Pavel, Mgr.
Výzkumný a vývojový pracovník
E-mail: pavel_kur@nm.cz Tel.: 224 497 888
Němečková Hana, Mgr.
Kurátorka botanického oddělení
E-mail: hana_nemeckova@nm.cz Tel.: 224 497 887
Jičínská Jana, RNDr., Ph.D.
Vědecká pracovnice
E-mail: jana_jicinska@nm.cz Tel.: 224 497 890