Mineralogická sbírka je jednou z nejstarších sbírek Národního muzea. Její základ byl vytvořen v době založení Muzea sloučením několika soukromých sbírek minerálů darovaných šlechtickými mecenáši pod vedením hraběte Kašpara M. Sternberga. Z historického hlediska i počtem položek a kusů představuje mineralogická sbírka hlavní sbírku mineralogicko – petrologického oddělení. Z počátečních 8 500 kusů se sbírka za následujících takřka 200 let postupně rozrostla na více než 100 000 evidovaných položek.

Mineralogická sbírka zahrnuje jak ukázky minerálů pocházejících z druhé poloviny 18. století (a některé patrně až ze 17. století), tak současné zcela nové nálezy z České republiky i celého světa. Od samého počátku do dnešních dnů je sbírka budována tak, aby představovala úplný obraz nerostného bohatství českého státu, současně zahrnovala srovnávací ukázky minerálů ze zahraničních nalezišť a obsahovala co nejvíce známých nerostných druhů a variet světového mineralogického systému. Mineralogická sbírka se tak stala unikátním archivem přírodnin dokumentujícím často velmi pestré mineralogické poměry v dnes již většinou nepřístupných dolech, v bývalých lomech a na dalších místech v přírodě.

Mineralogická sbírka se neomezuje pouze na hojně zastoupené tvarově a barevně vynikající ukázky estetické hodnoty, ale soustřeďuje i ukázky vysokého dokumentačního a vědeckého významu (včetně desítek ukázek holotypového materiálu nových minerálních druhů) bez ohledu na jejich krásu a výraznost.

Mineralogická sbírka zahrnuje dnes téměř 1 750 druhů minerálů (z celkového počtu cca 6 000 známých) v různém morfologickém, barevném a paragenetickém vývoji, rozdílné geneze a z různých nalezišť u nás i ve světě. Některé vzácné minerály jsou zastoupeny jen v několika málo ukázkách, jiné hojnější pak ve stovkách až tisících kusů. Velikost mineralogických ukázek je také velice rozmanitá – od zcela mikroskopických zrn v nábrusech, přes několik mm velké krystaly (například z náplavů), decimetrové krystaly až přes metr velké drúzy krystalů křemene, kalcitu, fluoritu, galenitu apod.

Zvýšení vypovídací hodnoty mineralogické sbírky je vedle zpracování nových přírůstků vázáno na podrobnou revizi sbírkového fondu pomocí instrumentálních laboratorních metod (přeurčení řady sbírkových předmětů včetně zjištění nových druhů pro jednotlivé lokality i světový mineralogický systém), digitalizaci sbírkových předmětů a v neposlední řadě i na řešení provenience sbírkových předmětů s neúplně nebo chybně uvedenými lokalitními údaji.