Největší část sbírky savců – více než 25 000 kusů tvoří materiál drobných savců (kožky, lebky), dále sbírky referátu zahrnují asi 1000 kusů dermoplastických preparátů ("vycpanin"), přes 800 kůží, 600 tekutinových preparátů, 200 loveckých trofejí a další položky jako modely, odlitky stopy, požerky apod. Geograficky je nejvíce zastoupena Evropa a dále Asie. Z regionů je nejvíce zastoupena střední Evropa (ČR a SR), dále jihovýchodní Evropa (Rumunsko, Bulharsko, Řecko a státy bývalé Jugoslávie) a Skandinávie, z asijského území jsou ve sbírkách velmi cenné kolekce z Blízkého a Středního východu a středoasijských velehor (Afghánistán, Pákistán a Nepál). Z bohaté sbírky kůží je třeba zmínit řadu afrických kopytníků z importů ZOO ve Dvoře Králové a početné doklady chovných linií koně Převalského ze ZOO Praha. Z ČR se ve sbírkách nachází řada důležitých dokladů výskytu méně běžných a vzácnějších druhů a zejména početný materiál získaný při mapování rozšíření našich savců (Atlas rozšíření savců ČR); cenné jsou např. kolekce rejsce černého (asi 1300 ks, zřejmě největší série na světě) či některých druhů šelem (liška obecná 320 ks). Dále jsou ve sbírkách uloženy tzv. typové exempláře (tedy exempláře, na jejichž základě byl popsán nový druh čí poddruh) několika druhů savců, především netopýrů. V současnosti je sbírkotvorná činnost zaměřena na oblast Středomoří, západní Asie a jižní Afriky.

K nejvzácnějším položkám rovněž patří vyhubený vakovlk (Thylacinus cynocephalus) a řada ohrožených druhů savců uvedených v mezinárodním Červeném seznamu IUCN. Doplňování sbírkového fondu probíhá v současnosti vlastními sběry, dary a převzetím materiálů z našich zoologických zahrad. V minulosti obohatily sbírky i dary od známých cestovatelů – E. Holuba, E. S. Vráze, B. Machulky, J. Kořenského a dalších.