Čínská sbírka vznikala zprvu nesystematicky prostřednictvím darů a nákupů na evropském starožitném trhu a během Světové výstavy roku 1874. Jednalo se o drobné předměty uměleckého řemesla. Větší kolekce přivezli na konci 19. století ze svých cest cestovatelé, jako např. Josef Kořenský (1847–1938) a Enrique Stanko Vráz (1860–1932), poštovní úředník Antonín Römer (data neznámá), který věnoval muzeu sbírku lidových barevných dřevořezů. Námořní důstojník Václav Stejskal (1851–1934) na palubě fregaty Aurora navštívil v letech 1886–1888 Čínu, Japonsko a země dnešní Indonésie a Malajsie. Později se objevují sbírky umělců či vysokoškolských učitelů, kteří Čínu nenavštívili, avšak měli o ni velký zájem. Sbírka uměleckého řemesla pochází od prof. Rudolfa Dvořáka (1860–1920), zakladatele sinologického bádání v našich zemích. Spisovatel Joe Hloucha (1881–1957) je znám jako sběratel předmětů z Japonska, v jeho sbírce se však nachází i řada artefaktů z Číny. Významná sbírka dřevěných náboženských soch a hliněných hrobových figur patřila malíři, muzikologovi a etnografovi Ludvíku Kubovi (1863–1956). Paní Růžena Trnožková, manželka obchodního rady (data neznámá, činná ve 20. a 30. letech 20. století) darovala muzeu sbírku čínských a japonských textilií. Ve druhé polovině 20.století čínskou sbírku obohatily předměty z kolekce fotografa a sběratele Bedřicha Formana (1919–1985).

Čínská sbírka se dělí do několika souborů. Je zde sbírka obrazů na hedvábí a papíru ve formě svitků, listů z alb a malby na vějířích. Význačná je kolekce lidových dřevořezů, tak zvaných novoročních obrázků. Nejhojněji je ve sbírce zastoupena tvorba dynastie Čching, především 18. a 19. století, několik maleb je však možné datovat do 17.století. Významná je sbírka portrétů zesnulých předků z konce dynastie Čching. Několik set kusů čítá sbírka maleb na rýžovém papíře z konce 19. století. První polovina 20. století je zastoupena díly světově proslulých malířů. Sochařská sbírka je tvořena souborem figurální hrobové keramiky, které lze datovat do doby dynastií Chan a Tchang. Poměrně rozsáhlá je sbírka buddhistického sochařství. Sbírka bronzových předmětů je poměrně malá, významnou část tvoří cloisonné a champlevé –nejstarší je z dynastie Ming. Ve sbírce kovových předmětů lze nalézt i několik exemplářů archeologického materiálu z doby před naším letopočtem. Malba emaily na kovu je zastoupena především předměty z 18.–19. století. Další skupinu tvoří řezby do různých materiálů – kamenů, polodrahokamů a slonoviny, převážně z 18.–19. stol. Významná je sbírka lahviček na šňupavý tabák z nejrůznějších materiálů. Velkou část sbírky zaujímá keramika a porcelán. Nejstarší nádoby lze datovat již do neolitu. Zastoupeny jsou pak téměř všechny základní typy, od prvních glazur, přes tzv. seladony, monochromní polevy, modrobílý porcelán až po malbu barevnými emaily. Textilní sbírka zahrnuje tradiční oděvy – především z druhé poloviny 19. století a z prvních dvou desetiletí 20. století. Nalezneme zde zejména výšivkou zdobené dámské kabátky a sukně, a mužské polooficiální oděvy (tzv. dračí roucha). Náprstkovo muzeum uchovává i sbírku hudebních nástrojů z Číny, a sbírku koloniálního a orientalizujícího nábytku.