První předměty se do muzea dostaly zásluhou Otokara Feistmantela (1848–1891), českého geologa a paleontologa, který působil osm let v indické Kolkatě. Další rozsáhlejší soubor asi dvou set předmětů ji obohatil až v 50. letech 20. století, kdy muzeum obdrželo dar Celoindického výboru uměleckých řemesel (All India Handicraft Board), který obsahoval ukázky současné umělecké tvorby ve všech tradičních materiálech, ale i hračky, masky, loutky a jiný etnografický materiál. Podstatnou část souboru tvořily textil a oděvy. Od 60. let do sbírky přispívali svými dary i indologové, kteří přiváželi z Indie předměty jak etnografického, tak uměleckořemeslného charakteru. Mezi nejstarší předměty ve sbírce patří fragmenty reliéfů z oblasti Gandháry v severozápadní Indii na území dnešního Pákistánu, které vznikly pod vlivem helénismu v 1. polovině 1. tisíciletí. Zastoupeno je také malířství. Umění miniatury bylo dovedeno do vysoké dokonalosti v mughalské škole, kterou ve sbírce reprezentují dva vzácné listy z Džahángírova alba z počátku 17. století. Portrétní umění zpodobující indické panovníky a indickou architekturu je ve sbírce zastoupeno malbou na kosti z 19. století. Umělecká řemesla tvoří podstatnou část indické sbírky a jsou zde zastoupena v reprezentativním výběru materiálů i výzdobných technik. Práce v kovu zahrnují předměty kovolijeckého a kovotepeckého umění a přestavují předměty dekorativní, užitkové i rituální. Vedle nádob provedených především v mosazi, jsou bohatě zastoupeny i šperky z obeckých i drahých kovů, zdobené různými šperkařskými technikami s použitím drahokamů, polodrahokamů a emailů. Rozsáhlá je i sbírka zbraní, především chladných, jako jsou dýky, zvané kuttar, meče, šavle, sekery, ale i přílby, štíty a bodce k ovládání slonů zvané ankuš. Mezi tradiční řemesla, která proslavila Indii již v nejstarších dobách, patří tkaní, předení a dekorování textilií barvením, potisky a především výšivkou. Sbírka Náprstkova muzea zahrnuje ukázky těchto technik jak v textilu, tak na tradičních oděvech. Součástí sbírky jsou také ukázky lidového umění a předměty etnografického charakteru z různých částí Indie.