Systematické i náhodné sběry indonéskou sbírku obohatily o předměty ze sběrů Josefa Kořenského, který muzeu věnoval soubor kožených loutek k javánskému stínovému divadlu. Od cestovatele E. Stanko Vráze (1860–1932) muzeum získalo významnou sbírku indonéských dýk, zvaných  kris. Sbírku textilií obohatila malířka Růžena Charlotta Urbanová (1888–1978), která v letech 1939–1946 vytvořila sbírku obsahující především textil z různých indonéských ostrovů, ale i další předměty spojené s každodenním i náboženským životem v Indonésii. Další přírůstky do sbírky představují dary a nákupy od jednotlivců. K posledním velkým nákupům z 90. let 20. století patří ucelená sbírka dajacké kmenové kultury z Kalimantanu, zakoupená od cestovatele a podnikatele Miloslava Šulce (1922–?) a sbírka Bedřicha Formana (1919–1985), která muzeum obohatila především o textil a umělecké řemeslo. Podstatnou část indonéské sbírky tvoří předměty denní potřeby, představující kmenové kultury indonéských ostrovů. Dajakové, jsou zastoupeni rozsáhlou sbírkou zbraní, např. foukaček na otrávené šípy, mečů s asymetrickou čepelí, válečnických štítů, ale i textilií, bederních roušek zdobených korálkovou výšivkou, nosítek na děti a hudebních nástrojů. K mimořádným ukázkám jejich mistrovství patří monumentální sochy předků v nadživotní velikosti a masivní mísy z tvrdého dřeva s reliéfně provedenými motivy mytických zvířat. Z tradičních indonéských řemesel je v muzejní sbírce zastoupeno indonéské kovotepectví, kovolijectví a zbrojířství celou škálou zbraní. K tradičním řemeslům patří také výroba textilií dovedená právě v Indonésii k velké dokonalosti. Muzejní sbírka obsahuje ukázky proslulých indonéských textilních technik – batiky a ikatů. Nedílnou součástí indonéské sbírky jsou loutky k javánskému a balijskému stínovému divadlu. V r. 1990 Náprstkovo muzeum získalo darem osmnáct hlavních nástrojů gamelanového orchestru.