Africká sbírka, čítající přibližně 16 000 předmětů, zahrnuje a etnograficky mapuje takřka celou Afriku. Nalezneme zde předměty ze všech oborů lidského působení, včetně umění. Severoafrické sbírky dokumentují arabsko-berberské prolínání kultur, arabské kovotepecké umění, berberskou keramiku, kabylské a berberské šperky, textil, tradiční zbraně, zámkové pušky, sedla na koně, velbloudy a jiné. Zajímavou část severoafrického souboru tvoří amulety, které podbarvují skutečnost, že se kulturní a náboženský kontext regionu dynamicky mění.

Africká sbírka dále zahrnuje tradiční řezbářské umění (19. a 20. století), spojené takřka s celou nearabskou Afrikou. Co se týče západní Afriky, nalézají se ve sbírce předměty různorodých etnik a řezbářských stylů, například: Bété, Dan, Ngere, Joruba, Ibo, Bambara, Fanti, Fon, Senufo a další. Předměty od muslimských Mandingů a Fulbů tvoří také pozoruhodnou součást inventáře (získáno r.1969).
Velmi významnou a početnou skupinu tvoří soubor předmětů z oblasti východní Afriky. Zde můžeme najít kulturní a etnografické doklady z dnešního Somálska, Etiopie a Súdánu – např. četné předměty nilotských etnik (Dinga, Šilukové, Nuer). Pozoruhodné jsou také soubory předmětů Núbijců (nasbírané mezi lety 1962–1963).

Nejpočetnější část sbírky je tvořena geograficky středem Afriky, přičemž zde můžeme nalézt předměty četných etnik, mezi nimi například: Pygmejové (získáno kolem roku 1935), Bakubové, Kongové, Lubové, Čokwe, Mangbetu (a jejich velmi charakteristické umění a hudební nástroje), Azande a jiní.

Jihoafrická sbírka je také velmi bohatá, zastoupení zde má Holubova sbírka. Ta tvoří nejcennější jádro jihoafrické sbírky. Nalezneme zde předměty například od pozoruhodných křováků (Khoisan), jejich zbraně, ozdoby, předměty běžného použití, ale i třeba velmi vzácné skalní rytiny, přivezené Dr. Emilem Holubem. Mimo jiné se ve sbírkách nalézají předměty Xosů, etnika Zulu, Basotho, Cvana (získáno v osmdesátých letech 19. stol.), mozambických Makondů a dalších.

Sbírka je velmi různorodá, nejen co se etnicity týče. Nachází se v ní zbraně z celé Afriky (arabsko-berberské meče, pušky, dýky, etiopské meče, somálské dýky, meče z oblasti Keni, Tanzánie, obřadní sekery, vrhací nože, honosné meče, luky, šípy, oštěpy, aj.), keramika (speciálně třeba zmínit keramiku kabylskou), kožedělné předměty ze severní Afriky a Nigérie, ozdoby kovové, bižuterie skleněná, velmi cenné předměty tradičních kultů (kult předků a předměty s tím související) – masky, figurky a jiná řezbářská práce umělecko-náboženského charakteru, typická pro celou Afriku.