Středoamerická sbírka obsahuje soubory keramických nádob a kamenných skulptur starověké Mezoameriky (Monte Albán, Teotihuacan, Veracruz, Aztékové, Mayové) a početnou kolekci keramiky kultury Chiriquí z Panamy. Výraznými sběratelskými osobnostmi byli Jakub Beer, velmistr křížovníků s červenou hvězdou, který roku 1856 věnoval do Čech velkou středoamerickou sbírku, a francouzsko-mexický amatérský archeolog a sběratel August Genin, jenž ve 30. letech 20. století věnoval Československu z úcty k prezidentu T. G. Masarykovi sbírku předkolumbovského umění, zejména colimské, zapotécké a aztécké keramiky. Novověké akvizice zahrnují etnografické předměty současných nativních národů Nahuů, Mayů, Mixtéků, Zapotéků, Huicholů i lidovou produkci mestické kultury (textil, masky, keramika, hračky, obřadní předměty).

Jihoamerická sbírka se skládá z archeologického i etnografického materiálu a menší celek představuje i koloniální umění. Archeologické soubory dokumentují starověký Ekvádor, Kolumbii, Venezuelu a Peru (kultury Tolita, Manabí, Bahía, Tíwanaku, Nazca, Moche, Chimú, Chancay, Inka). Vědecky cenné etnografické předměty byly shromážděny především v tropické Jižní Americe – jádrem etnografické sbírky jsou kolekce cestovatelů E. St. Vráze z konce 19. století z povodí řek Orinoko a Amazonka a A. V. Friče z počátku 20. století z oblasti Gran Chaco. Významné jsou také sběry tehdejšího ředitele Náprstkova muzea V. Šolce u etnik Aymara a Mapuche v Bolívii a Chile v 70. a 80. letech 20. století a ucelená sbírka mapuchské kultury ze středního Chile, kterou pořídil antropolog M. Stuchlík během svého terénního výzkumu v 60. a 70. letech 20. století.