Etnografická sbírka vznikala od konce 18. století sběratelskou činností misionářů, později cestovatelů, vědců a dalších odborníků a dobrodruhů působících v zahraničí. Mezi nejvýznamnější přispěvatele do sbírky mimoevropské etnografie, jež je členěna geograficky podle kontinentů, patří cestovatelé Enrique Stanko Vráz, Alberto Vojtěch Frič, Josef Kořenský, Emil Holub, Richard Storch, Bedřich Machulka a Joe Hloucha, misionáři Martin z Lány a Pavel Jáchym Šebesta, geograf Jiří Daneš, námořník Václav Stejskal, malíř Bohumír Lindauer, etnograf, spisovatel a tehdejší ředitel Náprstkova muzea Václav Šolc, antropolog Milan Stuchlík nebo sami zakladatelé muzea Vojta a Josefa Náprstkovi.

Sbírku tvoří předměty etnografického charakteru (objekty profánního i sakrálního charakteru nejrůznějších národů a etnických skupin), artefakty archeologické a historické (výtvory minulých kultur či daných historických období), ukázky lidové kultury a tradičních řemesel i umělecká díla, ať již se jedná o tvorbu místních umělců nebo Čechů spojených s určitým mimoevropským regionem.