Sbírka polokřídlého hmyzu zahrnuje zhruba 410 000 exemplářů ploštic (Heteroptera), křísů (Auchenorrhyncha), mer (Psyllomorpha), červců (Coccomorpha) a molic (Aleyrodomorpha). Základem sbírky jsou kolekce Ladislava Dudy a Ottokara Nickerla z konce 19. století. Ta byla výrazně rozšířena po roce 1945 zásluhou bývalých pracovníků Entomologického oddělení NM – Ludvíka Hoberlandta (ploštice), Jiřího Dlaboly (křísi) a Jiřího Zahradníka (červci a molice). Nejpočetněji jsou zastoupeny druhy z Evropy a ostatních částí Palearktické oblasti (od Středomoří po Čínu). Naprosto unikátní jsou sbírky polokřídlých z Íránu, Afghánistánu a Sokotry. Sbírka Hemiptera obsahuje stovky typových exemplářů druhů popsaných jak českými entomology, tak získaných výměnou se zahraničními institucemi. Typové exempláře jsou postupně katalogizovány a jejich katalogy publikovány (např. Acta Entomologica Musei Nationalis Pragae 2013/53: 821–890, 2015/55: 411–443, 2016/56: 423–446). Drtivá většina materiálu ploštic, křísů a mer má podobu suchých exemplářů preparovaných na entomologických špendlících a štítcích a uložených v entomologických krabicích, pouze malý počet exemplářů je uložen v lihu nebo jako mikroskopické preparáty. Sbírky červců a molic mají podobu krabic s mikroskopickými preparáty, menší část materiálu je uložena nasucho nebo v lihu v epruvetách.

Jádrem sbírky ploštice (cca 220 000 exemplářů) je systematická srovnávací sbírka vytvořená L. Hoberlandtem, která v současnosti zahrnuje téměř 7000 druhů (celosvětově je popsáno zhruba 45 000 druhů). Nejcennější částí sbírky jsou typové exempláře včetně primárních názvových typů zhruba 200 druhů. Srovnávací sbírku dále doplňují tisíce nedeterminovaných exemplářů, které jsou postupně zpracovávány odborníky z ČR i zahraničí. Z historického hlediska jsou zásadní materiály ploštic z ČR, Slovenska, Turecka, Íránu, Afghánistánu, Mongolska, Sokotry či Angoly, které se staly podkladem pro zpracování zásadních lokálních monografií.

Sbírka tzv. stejnokřídlého hmyzu zahrnuje přibližně 180 000 exemplářů křísů, 6000 mer, 1900 mikroskopických preparátů červců (cca 120 druhů) a 781 preparátů molic (27 druhů). Její největší součást tvoří sbírka křísů, která obsahuje početný materiál především z Evropy, Středomoří, Blízkého Východu, Íránu a také Mongolska. Jejímu vědeckému zpracování se věnoval J. Dlabola, který popsal množství pro vědu nových druhů, jejichž typové exempláře jsou v Národním muzeu uloženy. Sbírka má charakter systematicky řazené srovnávací sbírky, doplněné o menší množství nedeterminovaného materiálu. Fond dále zahrnuje sbírky molic (J. Zahradník) a červců (J. Zahradník, J. Řeháček), tvořené převážně determinovanými jedinci z bývalého Československa a z Balkánu. Relativně malá sbírka mer byla determinována z velké části P. Lautererem a zahrnuje významné materiály z expedic do Íránu, Turecka a Bulharska.