Sbírka zahrnuje zástupce menších hmyzích řádů, především jepic (Ephemeroptera), vážek (Odonata), pošvatek (Plecoptera), Phthiraptera, síťokřídlých (Neuroptera), střechatek (Megaloptera), dlouhošíjek (Raphidioptera), chrostíků (Trichoptera) a srpic (Mecoptera). Sbírka celkem obsahuje více než 110 tisíc exemplářů.

Základem sbírkového fondu je historická sbírka pošvatek, chrostíků, síťokřídlých a jepic prof. F. Klapálka (1863–1919). Jedná se o rozsáhlou sbírku nasucho preparovaného hmyzu obsahující řadu typového materiálu (téměř 500 exemplářů) z celé Evropy a v případě pošvatek i z Asie a Ameriky. Významná je též historická sbírka mikroskopických preparátů třásněnek (Thysanoptera) J. Uzla a preparáty všenek (Amblycera a Ischnocera) K. Pflegera a vší (Anoplura) prof. B. Rosického.

Původní sbírky jsou neustále obohacovány novými sběry pracovníků oddělení v tuzemsku i v zahraničí. Tento nově získaný materiál je většinou uchováván ve formě kapalinových preparátů. Dnes jsou ve sbírce nejpočetněji zastoupeny vážky, pošvatky, síťokřídlí a chrostíci. Sbírka vážek obsahuje determinovaný materiál předvším z Evropy (v nedávné době byla sbírka ještě obohacena o sběry vážek L. Brejchy z bývalého Československa), ale také z Iráku, Íránu, Jemenu (vč. Sokotry). Exotický materiál vážek (převažují sběry z Madagaskaru zakoupené v 1. pol. 20. století) zatím určený a systematicky uspořádaný není. Sbírka pošvatek zahrnuje jednak historickou sbírku F. Klapálka, dále rozsáhlé sběry E. Křelinové z Čech z poloviny 20. století a nový dokladový materiál především z Čech, Moravy a Slovenska, který je postupně systematicky zpracováván. V historické sbírce síťokřídlých převažuje determinovaný materiál z Evropy, ale současně je zastoupen i částečně determinovaný exotický materiál. Nové sběry, dosud pouze částečně určené, pochází především z ČR, ale také z expedic do Íránu a na Sokotru. Sbírka střechatek byla v poslední době významně rozšířena o materiál čeledi Corydalidae z expedic do jihovýchodní Asie. Sbírka chrostíků F. Klapálka obsahuje na sucho preparovaný materiál převážně z Evropy. V posledních desetiletích byla sbírka chrostíků podstatně rozšířena o nový materiál, včetně několika desítek typových exemplářů, ze střední a jižní Evropy, z Blízkého východu, z Madagaskaru a z jihovýchodní Asie. Tyto sběry jsou systematicky uspořádány a uloženy ve formě kapalinových preparátů (zkumavky s etanolem).