Národní muzeum není monolit, ale struktura, jejíž části do sebe zapadají. Zahrnuje ředitelství, šest odborů a pět odborných složek (muzeí).
Ředitelství Národního muzea
Odbor Kancelář generálního ředitele Odbor ekonomického náměstka Odbor provozního náměstka Odbor náměstka pro centrální sbírkotvornou a výstavní činnost Odbor náměstka pro investiční rozvoj Odbor digitalizace a informačních systémů
České muzeum hudby Historické muzeum Knihovna Národního Muzea Náprstkovo muzeum asijských, afrických a amerických kultur Přírodovědecké muzeum
