Archeologická sbírka systematicky dokumentuje život a vývoj společnosti pravěkých a raně středověkých Čech ve všech jejich obdobích v rámci evropského kontextu. Čechy jsou a vždy byly hlavní sběrnou oblastí při vytváření archeologické sbírky.
Sbírkové fondy jsou členěny podle archeologických kultur a podle období chronologicky – na dobu kamennou (starší a střední, mladší, pozdní), dobu bronzovou, železnou (starší a mladší), dobu římskou, dobu stěhování národů a raný středověk a spadají pod správu jednotlivých kurátorů, kteří příslušnou část sbírky vědecky zhodnocují.